过滤池的过滤能力要足够大。过滤机的过滤能力，都以升/小时来表示。要将水滤清，一般要求过滤量要达到4-7个过滤循环，具体讲，如果鱼缸的水是200升，就要配处800—1500升/小时的过滤机。
鱼只的数量和饵料的多少都要适度，鱼的蜜度过大，喂饵料过多，等于增加了污染量。
滴流与渗流： 滴流式过滤，这种过滤系统多用于溢流式过滤器或上部式滴流盒，其主要特征在于滤材大部份暴露天空气里，滤材主要以陶瓷环、生化球、过滤棉为过滤材质，进行生化过滤过程，过滤仓内有流动空气，但无物理过滤的功能。 渗流式过滤 ，滤材通常为滤棉、生化棉、底砂。主要的特征为滤材基本浸于水体之中，不与空气直接接触，起到物理过滤过程，但是在生化棉和底砂之间有较大的空隙，可为消化提供良好的生存环境，也有一定的生化过滤能力。这两种过滤系统的过滤效果都很好，但也有缺点，滴流过滤需要在鱼缸上部占较大的一块空间，也不美观。
气动式过滤：在此种过滤系统中比较有名的应该算是惠宏产的水妖精，原理是利用气举使水流入过滤体(生化棉、过滤棉)中，进行生物过滤过程。过滤效果还算可以，但是一般须要配合上滤等物理过滤系统使用。多用于小型的繁殖缸、孔雀、短鲷等较少量、小型的鱼缸内。
上部过滤器(上滤) ：架于鱼缸上部的过滤槽(盒)，它是由沉水式水泵或离水式水泵来供水的，能过泻流口，让水回流到水族箱内，维护起来比较方便。但是对于水草缸不推荐用此种过滤器。同时也不推荐在繁殖缸、幼鱼缸中使用，这样会导致亲鱼受到惊吓、小鱼被吸入上滤。