玻璃幕墙也存在着一些局限性，例如光污染、能耗较大等问题。但这些问题随着新材料、新技术的不断出现，正逐步纳入到建筑造型、建筑材料、建筑节能的综合研究体系中，作为一个整体的设计问题加以深入的探讨。

玻璃幕墙是不可燃烧的材料，但在烈火面前，它可以融化或软化，在烈火中只用很短的时间就会发生玻璃破碎，因此在建筑设计中要充分考虑建筑的防火要求。

幕墙因长期受自然环境的不利因素，结构胶易老化、失效，造成玻璃幕墙坠落。那么在设计时应尽量采用明框或者半隐框玻璃幕墙，因为即使结构胶失效，由于框架的支撑和约束，也会大大降低玻璃坠落的几率。

玻璃幕墙渗水的原因很多，但主要是以施工与密封材料关系较大，因此应挑选技术过硬的施工方，符合国家标准的材料。以限度的降低渗水现象。光学专家的研究表明，镜面建筑物玻璃的反射光比阳光照射更强烈，其反射率高达82%—90%。夏日阳光被反射到居室中，使室温平均升高4到6摄氏度。

高楼的玻璃幕墙反射周围的景物使鸟类完全意识不到眼前的危险，往往来不及减速就一头撞在玻璃上。据鸟类保护志愿者组织FLAP（Fatal Light Awareness Program）统计，仅在多伦多一地，每年就有一百万到九百万的候鸟死于这些玻璃幕墙。