认证机构将对组织的质量管理体系进行的审核。这包括文件审核、现场审核和认证决策。文件审核是对质量管理体系文件的评估，现场审核是对实际操作的评估，认证决策是由认证机构根据审核结果决定是否发放认证证书。
申请认证的基本条件
1、取得国家工商行政管理部门或有关机构注册登记的法人资格；
2、已取得相关法规规定的行政许可；
3、有固定科研生产场所、检验检测手段和相应的专业技术人员；
4、承担或拟承担武器装备科研生产的项目或产品涉密；
5、无外商（含港澳台）投资和雇用外籍人员，国家有特殊规定的除外；
6、承担涉密武器装备科研生产任务的人员，应当具有中华人民共和国国籍，在中华人民共和国境内居住，与境外人员（含港澳台）无婚姻关系。
注：未通过质量管理体系认证的单位，不得承担武器装备研制、生产、维修任务。
申请需准备的资料
1、申请书、认证合同；
2、营业执照副本复印件、组织机构代码证副本复印件；
3、内审报告、内审计划、管理评审报告、管理评审计划；
4、产品所在阶段情况调查表；（视企业具体情况而定）；
5、产品实现流程图（产品工艺流程图）；
6、主要设备一览表；
7、质量手册、程序文件。
办理保密资质认证具体流程如下：
1、开具《保密资格认定等级建议表》（简称《密级建议表》）。有权开具密级建议表的单位包括：军队资格审查申请受理点、军工集团公司、项目总承包单位或者法律法规规定的有关部门；
2、企事单位依据《密级建议表》确定申请的密级，进行保密要害部门、部位的建设和保密档案的建立；
3、向国家或省（自治区、直辖市）保密行政管理部门（会同同级国防科技工业管理部门）报送申请书和有关材料，由省（自治区、直辖市）军工保密资格认证委组织进行保密资格认证的书面审查。书面审查通过后，准备迎接保密行政管理部门会同共同审批部门组织的现场审查；
4、国家或省（自治区、直辖市）军工保密资格认证委根据现场审查结论和有关材料，在规定日期内作出是否批准的决定，并将审查批准的保密资格申请单位有关材料报国家军工保密资格认证委备案；
5、国家军工保密资格认证委颁发《武器装备科研生产单位保密资格证书》。