肥胖的原因可以是营养性肥胖，也可以是病理性肥胖。随着社会经济水平的发展，肥胖已成为严重影响国人健康的重要问题。高热量食品、久坐的生活方式、工作生活压力等不健康的生活方式是导致非病理性肥胖的主要原因。
随着我国人民生活水平的提高，家长对孩子身高的关注度越来越高。矮小的诊断标准：身高低于同地区、同种族、同性别、同年龄身材正常儿童身高平均值两个标准差，或者身高低于该人群儿童身高的第3百分位。导致身材矮小的原因众多，生长缺乏症、家族性矮小、体制性青春期延迟、先天性卵巢发育不全、甲状腺功能减低、性早熟所致的矮小、早产儿、小于胎龄儿、严重的佝偻病和骨骼发育畸形以及多种慢性疾病所致的矮小、特殊矮小综合征等均可引起矮小。另外，特发性的矮小不仅与遗传因素有关，也与不健康的生活方式密切相关。
巩纯秀主要研究方向为儿童糖尿病领域，涵盖儿童糖尿病流行病学研究、生存、代谢控制状况及胰岛素抵抗相关疾病范化研究。先天性高胰岛素性/新生儿糖尿病临床与遗传学研究。性腺研究主要包括婴幼儿乳房发育临床监测、DSD病因学及Kallmann综合征的基因学研究、小阴茎的、AAA综合征的遗传学研究、DSD患者体格发育研究、Silver Russule 综合征遗传学研究等。同时承担研究生教学以及留学生英文教学。
巩纯秀，中华医学会糖尿病学分会儿童青少年学组秘书，北京儿科学会青年委员，国际糖尿病联盟儿童青少年联合会ISPAD会员。主编《点燃希望儿童、青少年糖尿病管理指南》，参编《儿科学》、《Pediatrics》等多部著作。以作者或通讯作者在相关领域发表文章100余篇，包括SCI 7篇。获得中华预防医学奖二等奖（证书号20090108-2-G1004）。