医院总用地面积5.53万平方米，总建筑面积15.7万平方米；预防研究区（门头沟西山园区）总用地面积7.33万平方米，总建筑面积目前为3.7万平方米，未来将达到9.2万平方米。医院设有36个病房，26个手术室（其中包含5个复合技术手术室），17个导管室，1521张编制床位数，实际开放床位数1291张。在职员工3571人，中高级职称专业技术人员1440人（数据截至2020年12月31日）。同时，配备有血管造影机、双源CT、核磁共振、PET-CT等与世界接轨的医疗科研设备。
丰厚的科研基础条件与科研平台
阜外医院拥有心血管疾病国家重点实验室、国家心血管疾病临床医学研究中心2个研究平台，国家卫生健康委心血管临床研究重点实验室、国家卫生健康委心血管疾病再生医学重点实验室、心血管植入材料临床前研究评价北京市重点实验室、心血管疾病分子诊断北京市重点实验室4个省部级研究平台，以及中国医学科学院冠心病风险预测与研究重点实验室、中国医学科学院肺血管医学重点实验室、中国医学科学院心血管流行病学重点实验室等7个医科院级研究平台。
国家区域医疗中心同质化建设
自2013年起，在国家卫生健康委及其他各部委、各司局及地方政府的大力支持下，阜外医院充分发挥作用，陆续输出建设云南省阜外心血管病医院（以下简称“云南阜外”）、阜外华中心血管病医院（以下简称“华中阜外”）和中国医学科学院阜外医院深圳医院（以下简称“深圳阜外”）三家区域医疗中心。以同质化发展为目标，利用“传帮带”模式推进医疗、教学、科研、预防、管理等各方面能力和水平的提升。
“三高共管”试点建设项目自2020年12月启动，先后在天津、河北、辽宁、河南等14个地区开展试点工作。截至2023年，该项目已在12省市启动14个试点，管理近2万例 “三高”患者。“三高共管”项目的试点地区平均血压规范测量率达46%、血压控制率达58%。