1、保证责任不同，履约保函是由担保人为施工方(申请人)向业主(受益人)提供的，保证施工方履行工程建设合同责任和义务，承包商不履行合同的，业主可要求保证人在保函金额内承担保证责任。预付款保函是预付款保证担保，指由保证人为施工方向业主提供的，保证人对施工方履行扣还预付款义务的保证。

2、担保时间不同，履约保函担保往往要贯穿整个项目，时间比较长。预付款保函担保的时间往往不长，一般30-90天。